（追記：FW5.4.5.1対応）
Kindleのコレクション管理ツールCollections ManagerがKindle Paperwhite 5.4.2以降にようやく対応したので、インストール。
スクリーンセーバーの入れ替え以外にも、jailbreakは使えるんだってことで。
新モデルは不便になってしまったので、実質使っていない状態。jailbreakの実験機でしかないという、無残。
欧文フォントは入れ替えたので、辞書の不便さとウィキペディアが鬱陶しいの我慢すれば、洋書は読めないこともないんだが・・・・。
Collections Manager Version 2.7.4（Kindle Paperwhite 5.4.5.1対応）
http://www.mobileread.com/forums/showthread.php?t=186305
・コレクション内にコレクション収納可能
・CalibreのKindle Collections pluginと連携可能
・Kindleのdocuments以下のフォルダ名から自動的にコレクションを作成する機能
など
Kindle Paperwhite 5.4.2以降の注意点は以下参照
http://www.mobileread.com/forums/showpost.php?p=2745790&postcount=769
Collections ManagerはKindleの「端末」内のコレクションを操作するのみで、クラウド側のコレクションは操作できない。
すでに作成済みのコレクションでクラウドにも反映されているものにはアクセスできないかもしれない、など。
インストールに必要なもの：
・Jailbreak
・Mobileread Kindlet Kit All-in-one KUAL prerequisites（名称変更）
この２つについては、Kindle Paperwhite 新モデル(2013): Jailbreakの手順をまとめ参照
もしくは、
snapshotをhttp://www.mobileread.com/forums/showthread.php?t=225030からダウンロードして、インストール。やりかたは、以前の記事参照。
Collections Managerのインストール：
・上のリンクから、CollectionsManager_2.7.4.zipをダウンロードして、解凍。
・CollectionsManager.azw2 をKindleのdocumentsフォルダにコピー。
で、おしまい。
タップすれば起動する。
・日本語化も簡単（上のCollections Managerのページの”Localization"参照）。
自分でやるのが面倒な人は、このCollectionsManager-localization.txtをダウンロードして、Kindleのdocumentsフォルダへ。
あとはCollections Managerを使って、隠しファイルにしておくといい。他の本といっしょに並んでいても意味がないので。
下の画像ように上下の２ペインに分かれているので、片方でコレクションを選択し（コレクションの文字部分をタップして、画像の"Current Collection"に入れる）、もう片方で本にチェックを入れて（チェックボックスをタップ）、コピーする（中央部のアイコンタップ）というような使い方。Kindle本来のコレクション操作より楽だろう。
◎コレクション内コレクション
コレクションの中にコレクションをコピーしてやれば、コレクション内にいくつもコレクションが入る。
ただし、コレクションの中のコレクションを入れても、中に入れられたコレクションがKindleのホーム画面から消えるわけではない。下の階層のコレクションもKindleのトップ画面に表示されたまま。（したがってまた、別のコレクションの中だからといって同じコレクション名を使うことはできない。）
コレクションが多くなると目当てのものが見つけにくくなるので、階層化してトップ画面をすっきりさせるものと思っていたが、そうではないらしい。（Kindle 5.4.0以前なら可能）
それでも階層化できないよりは、見つけやすくなるだろうけど。
「右上メニュー（三本線）」 -> 「Display Options」（日本語化した人は「表示オプション」） で、
「Display collections only」（「コレクションのみ表示」）と「Limit filters to the lower pane」（「上の表示設定を下部パネルに限定」）にチェックを入れると、
下部パネルは本の表示が消え、コレクションだけになるので、作業しやすいかも。
◎documents以下のフォルダ名からコレクション自動作成
フォルダを作って本を収納して、整理している人には便利だろう。
これを実行すると、既存のコレクションはすべて消去されて、コレクションがすべて造り直されるので、注意。
やり方は、
Collections Managerを起動したら、
・「右上のメニュー（三本線のところ）」 -> 「Syncronization」（「同期オプション」） -> 「Create collections from directories」（「コレクションをフォルダから作成」）
フォルダが階層化されていれば、階層化されたコレクションができる。（ただし上でも言ったが、トップ画面にはすべてのコレクションが表示される）
◎CalibreのKindle Collections ｐluginとの連携については、またいずれ。
注意点
・Collections Managerではなく、Kindle本来のコレクション機能を使って操作しようとすると、コレクションの追加画面から移動できなくなる。ホーム画面にも戻れない。ストアや設定画面には行ける。再起動すると元に戻る。
コレクションの操作はCollections Managerに一本化したほうがよさそう。
・Collections Managerで、新しいコレクションを作成をすると、そのコレクションが不可視になることがある。フォルダからの自動コレクション作成の時もそうなることがあった。
Collections Managerにはコレクションや本を隠す機能もついていて、それが勝手に動いているか何なのかよくわからない。
上の画像の、Book(invisible on Home)ってやつが不可視にしたもの。文字が灰色になっている。Kindleから見えるようにするには、チェックを入れて、中央アイコンの左端の「目」をタップ。
ちょっと触っただけなので、使い方がよくわかっていないのかもしれないが、まあ、こんな感じ。
追記：
コレクションの中にコレクションを入れたら、下の階層のコレクションはトップ画面から消えるべきじゃないのか、という上で述べた疑問について
作者自身のコメント参照
http://www.mobileread.com/forums/showpost.php?p=2751084&postcount=807
結論から言うと、コレクションの中に入れたコレクション（下の階層のコレクション）はトップ画面から消える、というのが本来の動作だが、5.4.2以降ではできなくなった。
これまでは、データベースの"isVisibleInHome"というエントリーを"0"にすると、ホーム画面から見えなくなるので、これを利用して下の階層のコレクションをホーム画面から消していたが、5.4.2以降は"0"にすると、ホーム画面だけでなくコレクション内でも見えなくなる。見えなくなるだけで存在はしているので可視化してやると、今度はホーム画面にも表示されてしまう。
そんなことらしい。本来の階層化ができないとは残念。旧モデル（2012）ではできるんだろうなあ。
せっかくなので、日本語化したCollections Managerのscreenshot追加
